中共中央国务院关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见》（中发〔2004〕16号）下发后，教育系统积极行动，采取有效措施贯彻落实中央的要求和部署。 一是精心组织，周密部署，认真抓好教育系统学习16号文件精神工作。16号文件下发后，教育部向教育系统发出《中共教育部党组关于学习〈贯彻落实中共中央国务院关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见〉的通知》，要求各地教育部门和高校要把学习贯彻落实16号文件精神作为当前教育工作的头等大事抓紧抓好。教育部党组召开专题学习会议，带头学习文件精神，多次召开座谈会、专题调研会，听取各方面意见，了解基层学习贯彻落实情况。教育部党组成员还深入部分省市和高校实地调研，指导检查工作。新华社于10月15日播发了《中共中央国务院发出〈关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见〉》的新闻通稿，《人民日报》等中央主要新闻媒体予以转发，并配发社论或评论员文章；同时刊发了中宣部、教育部、团中央负责同志就学习贯彻落实中共中央国务院16号文件的答记者问。10月17日组织召开了教育部学习贯彻16号文件座谈会，交流学习贯彻16号文件的体会和经验，研究部署深入学习贯彻16号文件有关工作。教育部部长周济参加座谈会并作了总结讲话。11月25日，教育部、新华网联合举办了网上加强和改进大学生思想政治教育座谈会。教育部、中宣部、共青团中央组织编写了《〈中共中央国务院关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见〉学习辅导读本》、《〈中共中央国务院关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见〉学习辅导百问》等学习资料。各地各高校纷纷制定学习计划，通过中心组学习、座谈会和专题研讨等多种形式，组织广大党员干部和师生员工分阶段、分层次、有重点地开展学习贯彻活动。
二是深入调研，制定措施，全面贯彻16号文件精神。教育部会同有关部门，就进一步加强和改进高校思想政治理论课教育教学、形势与政策教育、哲学社会科学学科教材体系建设、哲学社会科学教学科研骨干研修、大学生社会实践、大学生党员发展和基层党组织建设、校园文化建设、学生社团工作、辅导员和班主任队伍建设、师德建设、校园网络建设与管理、心理健康教育、学生管理等方面的工作，进行了深入的专题研究，分别组织起草了相关配套文件17份，提出了具体的政策、措施和工作要求。制定了《贯彻落实〈中共中央、国务院关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见〉的目标任务分工》。各地各高校结合各自实际，对加强和改进大学生思想政治教育作出了规划部署和具体安排。
三是加强领导，狠抓落实，加快形成推进大学生思想政治教育的有效体制机制。教育部成立学生思想道德建设工作领导小组，各省（自治区、直辖市）教育部门建立由主要负责人主抓大学生思想政治教育的责任制，高校建立和完善党委统一领导、党政齐抓共管、专兼职队伍相结合、全校紧密配合、学生自我教育的领导体制和工作机制。
